消泡劑不是溶解在體系中，而是分散在體系中，所以消泡劑是否能均勻分散在體系中就顯得尤為重要。當消泡劑均勻分散在體系中，對體系的透明度影響很小，且消泡劑能較長時間的團聚成大顆粒，這樣就能在體系中保持相當長的時間。
產生泡沫的體系當消泡劑不能均勻分散在體系中，而是以很多小顆粒團聚在一起的話，一方面會影響體系的透明度，另一方面會使消泡劑團聚成大顆粒的時間變短，這就會造成消泡劑添加到體系中渾濁，隔天漂油。消泡劑用水稀釋之后再添加效果會好一些。
2、消泡劑渾濁的問題
消泡劑不是以溶解的狀態存在于體系中的，一般是懸浮在體系中，因此選用的疏水顆粒、硅油、疏水顆粒的用量和成色就至關重要，這樣造成了消泡劑的性能千差萬別，但是只要消泡效果好、抑泡時間長就沒有多大問題。
3、消泡劑抑泡時間的問題
消泡劑中硅油的性質決定了消泡劑的抑泡時間。硅油含量的多少決定了消泡劑在體系中的使用時間長短。消泡劑粒徑的大小決定了消泡劑的耐過濾性，粒徑太大或者消泡劑攪拌不夠充分都有可能導致消泡劑被過濾掉，污水處理中一般用的污水處理消泡劑就會經過很多次過濾，如果在過濾中將消泡劑過濾走，這樣對消泡和抑泡都會產生影響。
4、消泡劑的失效問題
酸堿穩定性問題，如果消泡的耐酸堿性不好導致硅油分解，從而導致消泡劑失效；某些化學成分使硅油溶解到體系中，這樣消泡劑不再有消泡的作用，而是作為一個表面活性劑存在體系中，體系的泡沫會比沒加消泡劑的時候更多。
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